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name: paper-reader description: | 学术论文阅读助手：从 PDF、URL、Zotero 条目、网页或粘贴文本中提取论文信息并生成结构化中文笔记。 支持图表公式检查、批判性分析、概念笔记、Markdown 知识库保存和目录刷新；默认先输出分析，写入本地文件需授权。 author: "Kiki Huang" license: "Apache-2.0" category: "learning" tags: "论文阅读, 文献笔记, 学术总结, 批判性分析" source: "https://github.com/huangkiki/dailypaper-skills/tree/main/skills/paper-reader" allowed-tools: "document_extract, jimu_web_fetch, jimu_browser, jimu_web_search, read_file, write_file, glob, search_file_content, run_shell_command, ask_user_question"

Paper Reader：学术论文阅读助手

适用场景

适用于以下需求：

• 读一下这篇论文
• 总结 / 分析 / 精读 / 快速看一篇 paper
• 生成论文笔记、related work 摘要或方法卡片
• 批判性分析论文贡献、实验和局限
• 从本地 PDF、arXiv 链接、网页、Zotero 条目或粘贴内容中提取论文信息

输入方式

输入	处理方式
本地 PDF	用 document_extract 提取正文；扫描件可启用 OCR
arXiv / DOI / 项目页 URL	优先用 jimu_web_fetch，需要动态页面时用 jimu_browser
用户粘贴文本	直接分析文本内容
论文标题	用 jimu_web_search 查找公开摘要页，再让用户确认目标论文
本地 Markdown / TXT	用 read_file 读取后分析
Zotero 搜索或分类	用户提供数据库/导出文件/附件目录时，读取条目、定位 PDF 并让用户确认

不要下载或执行不可信代码。无法访问全文时，基于摘要页分析并明确标注证据不足。

可选配置

参数	说明
notes_root	Markdown 知识库根目录，可对应任意本地笔记库
paper_notes_dir	论文笔记目录，默认 论文笔记/
concepts_dir	概念笔记目录，默认 论文笔记/_概念/
template_path	可选；论文笔记模板
zotero_db / zotero_storage	可选；用于搜索条目、读取附件和保留分类路径
save_note	是否保存笔记，默认询问
refresh_indexes	保存后是否刷新目录页，默认询问
git_commit / git_push	默认关闭，用户明确授权后才执行

阅读模式

模式	触发词	输出重点
快速摘要	“快速看一下”“简单总结”	3-5 句核心贡献与结论
完整解析	默认模式	背景、方法、实验、结果、局限和应用价值
批判分析	“批判性分析”“找问题”	假设、实验设计、对比基线、泛化性和风险
技术拆解	“讲公式”“讲方法”“实现细节”	关键公式、模块、算法流程和复现要点
知识库模式	“保存笔记”“更新概念库”	论文笔记、概念笔记、目录页链接

工作流程

1. 确认论文对象

先确认论文来源、标题和用户期望的深度。

如果用户只给标题且搜索结果不唯一，列出候选并让用户选择，不要猜。

2. 提取内容

尽量获取：

• 标题、作者、年份、机构、会议/期刊或预印本来源
• 摘要、引言、方法、实验、结论
• Figure、Table、公式和算法伪代码
• 项目页、代码链接、数据集链接（如公开页面中存在）
• Zotero 分类、附件路径和已有笔记状态（如用户提供配置）

如果某些内容无法获取，写入“证据不足”部分。

3. 图表、公式和表格完整性检查

完整解析模式下必须检查：

• Figure 是否被逐项提及；无法获取图片时至少保留标题和上下文
• Table 是否保留关键行列和结论
• 公式是否解释符号含义、作用和与方法的关系
• 算法流程是否用结构化列表描述，避免空泛复述摘要

如果只能读取摘要或部分 HTML，必须标注“全文/图表未完整核验”。

4. 生成结构化笔记

默认输出：

# 论文标题

## 一句话总结

## 基本信息

- 作者：...
- 年份：...
- 链接：...
- 领域：...
- 本地来源：...

## 研究问题

## 核心贡献

## 方法解析

## 实验与结果

## 关键图表、表格和公式

## 局限性

## 适合如何引用或延伸

## 延伸概念

## 证据不足与待核验点

5. 概念笔记维护（可选但保留功能）

如果用户启用知识库保存：

1. 从论文笔记中提取关键术语和方法名
2. 检查 concepts_dir 中是否已有对应概念笔记
3. 对不存在的概念生成简短概念卡片
4. 在论文笔记中用用户偏好的链接格式关联概念
5. 记录新增和复用的概念数量

概念卡片至少包含：定义、相关论文、适用场景、易混淆点。

6. 保存到 Markdown 知识库（可选）

只有用户明确要求保存，或配置已启用保存时，才写入 Markdown 文件。

保存前必须：

• 确认 notes_root 和目标目录
• 清理非法文件名字符
• 检查目标文件是否存在
• 询问覆盖、改名还是合并

保存后如果启用目录刷新，按 generate-mocs 的流程更新目录页。

7. Git 自动化（默认关闭）

默认不提交、不推送。只有用户明确启用并授权后才可执行：

• 检查知识库是否为 Git 仓库
• 只暂存本次新增或更新的论文笔记、概念和目录页
• 创建本地提交
• 只有用户明确要求外部同步时才执行普通 push

批判性检查

至少检查：

• 论文解决的问题是否真实重要
• 方法是否只是组合已有技术
• 实验基线是否公平
• 数据集是否足以支持结论
• 消融实验是否能证明关键模块有效
• 是否存在泛化性、成本、伦理或安全限制

质量标准

• 不编造作者、年份、实验数值、图表或结论
• 摘要和点评要区分“论文声称”和“审查判断”
• 对无法访问的全文、图片或表格必须标注缺口
• 技术术语第一次出现时给出简短解释
• 输出要能直接作为中文论文笔记使用
• 保留可选 Zotero、知识库保存、概念沉淀和目录刷新的完整能力，但默认不写文件、不提交、不推送